Complexul feudal de la Fagaras, a carui constructie a inceput la sfarsitul secolului al XIV-lea si se continua, prin adaugari succesive, pana la mijlocul secolului al XVII-lea, a fost precedat de-o fortificatie din lemn, inconjurata cu un sant si val de pamant, atestata arheologic pentru secolul al XII-lea. Aceasta fortificatie, dovada unei organizari politico-feudale autohtone voivodale, a fost distrusa la mijlocul secolului al XIII-lea, in urma unui puternic incendiu, dupa cum atesta vestigiile scoase la iveala prin sapaturile arheologice care au insotit lucrarile de restaurare. In secolul al XV-lea cetatea din piatra si caramida de la Fagaras, care era o cetate militara de aprare, avea o incinta patrulatera, cu patru turnuri bastioane la colturi si un turn de avanpost de tip baricada pe latura de est.
Dupa scindarea Regatului Feudal Maghiar in anul 1541, ca urmare a infrangerii de la Mohacs, Transilvania devine Principat autonom sub suzeranitate otomana. In acest cadru, domeniul si Cetatea Fagarasului intra in proprietatea ereditara a principilor Transilvaniei. Multi dintre acestia au acordat o atentie deosebita Fagarasului contribuind la dezvoltarea culturala si economica a intregii zone. Mihai Viteazul, domn al Tarii Romanesti intre 1593-1601 si primul unificator al celor trei Tari Romanesti poarta ,conform unei vechi traditii voivodale, titlul de “herteg al Fagarasului”, inca din anii 1597-1599 si isi manifesta pretentiile asupra acestui teritoriu pe baza unui “ius antiquum vaivodarum valachiae transalpinae” (vechi drept voievodal al Tarii Romanesti). In anul 1599, in urma campaniei din Transilvania, Mihai Viteazu intra in posesia efectiva a Fagarasului, iar la sfarsitul aceluiasi an cetatea si domeniul sunt daruite sotiei sale Doamna Stanca, devenind astfel loc de adapost pentru averile si familia domnului. Mihai viteazul a acordat o atentie deosebita Fagarasului datorita pozitiei sale strategice: in Aprilie 1600 cetatea devine centrul de adunare al ostilor inaintea campaniei din Moldova, iar in toamna anului 1600, dupa infrangerea de la Miraslau, tot aici are loc regruparea fortelor. In secolul al XVII-lea, adaptarile de constructii si adaugirile la care este supusa Cetatea Fagarasului vor culmina cu transformarea sa intr-o fastuasa resedinta princiara, aceasta fiind perioada de apogeu a istoriei acestui maiestuos monument.
Destinatia pe care au primit-o cele 85 de incaperi ale castelului s-a putut deduce din inventarele cetatii fagarasului, in special cele din 1632, 1637, 1656, 1676. In urma acestor lucrari efectuate in secolul al XVII-lea, Cetatea Fagarasului devine resedinta a principilor Transilvaniei si centru politico-administrativ al marelui domeniu al Fagarasului, fiind un impunator centru medieval. Atunci, importante lucrari la Cetatea Fagarasului au intreprins principii Gabriel Bethlen si Gheorghe Rackozi I. Astfel, Gabriel Bethlen(1613-1629) a realizat loggii deschise in arcuri pe masive pile de zidarie. Concomitent, la colturile cetatii se construiesc cele patru bastioane cazemata in stil italian (trei “cu urechi” si unul in forma de “pana”). In timpul lui Gheorghe Rackozi I(1631-1648) au fost dublate, prin interior, zidurile exterioare de pe latura de nord si de sud, iar in spatiile create a fost aplicata umplutura de pamant, realizandu-se o rezistenta de 8 metri grosime. Totodata, construieste pe jumatatea nordica a laturii de est cladirea corpului de garda, iar santul de aparare din jurul cetatii este largit, adancit si umplut cu apa din Olt, devenind astfel un adevarat lac. Tara Fagarasului devine unul dintre cele mai mari si mai bogate domenii ale Transilvaniei cuprinzand peste 50 de sate administrate prin doua curti secundare. Incepand cu anul 1696, dupa patrunderea armatei imperiale austriece in Transilvania, Fagarasul devine proprietate a Coroanei Habsburgice.
De la inceputul secolului al XVII-lea si pana la finele sale, cetatea a fost, cu unele mici intreruperi, resedinta a principilor Transilvaniei, sala Dietei, aflata la primul etaj, gazduind patru din adunarile tinute aici. Documentele vremii consemneaza ca la una dintre acestea a participat si o delegatie a domnului muntean Serban Cantacuzino. Aspectul actual al cladirii se datoreste refacerilor si fortificarilor facute in decursul timpului. Astfel se aminteste ca in 1630 santul din jurul cetatii a fost largit si legat printr-un canal secret de raul Olt; totodata s-a construit un pod mobil la intrare, pentru ca in caz de pericol sa poata fi ridicat. Cu trecerea anilor, magaziile si pivnitele de aprovizionare ale cetatii au devenit celule in care erau aruncati taranii iobagi razvratiti.